Sveučilište u Zagrebu Medicinski fakultet

Upoznavanje humanog genoma i genetike tumora kroz najnovije tehnološke dosege od mikroanaliza na čipovima, preko analize gena i genoma sekvenciranjem do analize građe i funkcije proteina. To znanje omogućuje polaznicima praćenje i razumijevanje znanstvenih radova s područja molekularne onkologije.

Teorijsko i praktično upoznavanje s osnovnim metodama molekularne biologije koje se koriste u istraživanju tumora, koje će polaznicima omogućiti lakše razumijevanje eksperimentalnog  rada u laboratoriju.

Predavanja: Središnja dogma molekularne biologije, kratki pregled laboratorijskih metoda koje se koriste za istraživanje RNA, DNA i proteina. Laboratorijske vježbe su veći dio kolegija: U nekoliko termina rada u manjim skupinama studenti će se upoznati s osnovnim eksperimentalnim laboratorijskim metodama koje se koriste u molekularnoj onkologiji: izolacija nukleinskih kiselina i proteina, metode pronalaženja promjena na nukleinskim kiselinama (brza lančana reakcija polimerazom - PCR, analiza jednolančanih odsječaka DNA - SSCP, analiza krivulje mekšanja - HRM, određivanje slijeda nukleotida - sekvenciranje, fragmentarna analiza – „gene scan“), korištenje računalnih baza baza podataka (pretraživanje sekvenci, genske mape, baze SNP-ova, baze specijalizirane za pojedine gene, dizajniranje početnica, računalna obrada podataka dobivenih sekvenciranjem i fragmentarnom analizom), kvantitativni real-time PCR, osnovne imunohistokemijske metode i kratki pregled biostatističkih metoda, analiza staničnog ciklusa protočnom citometrijom - FACS Svrha kolegija je upoznati polaznike s radom u znanstvenoistraživačkom laboratoriju, s naglaskom na primjenu najčešćih eksperimentalnih metoda u istraživanju raka.

• A Ambriović-Ristov i sur. Metode u molekularnoj biologiji, Institut Ruđer Bošković, Zagreb, 2007.
• N Pećina-Šlaus. Odabrane metode molekularne biologije. Medicinska naklada, Zagreb, 2009.
• Alberts B et al. Molecular Biology of the Cell, 6th Ed., Garland Science, NY, 2014
• Glavač D, Dean M. Applications of heteroduplex analysis for mutation detection in disease genes. Hum Mutat. 1995;6(4):281-7.
• Cvok ML, Čretnik M, Musani V, Ozretić P, Levanat S. New sequence variants in BRCA1 and BRCA2 genes detected by high-resolution melting analysis in an elderly healthy female population in Croatia. Clin Chem Lab Med. 2008;46(10):1376-83.
• Abd-Elsalam KA. Bioinformatic tools and guideline for PCR primer design. African Journal of Biotechnology. 2003;2(5):91-95.
• Yuan JS, Reed A, Chen F, Stewart CN Jr. Statistical analysis of real-time PCR data. BMC Bioinformatics. 2006;7:85.
• Greenblatt MS, Brody LC, Foulkes WD, Genuardi M, Hofstra RM, Olivier M, Plon SE, Sijmons RH, Sinilnikova O, Spurdle AB; IARC Unclassified Genetic Variants Working Group. Locus-specific databases and recommendations to strengthen their contribution to the classification of variants in cancer susceptibility genes. Hum Mutat. 2008;29(11):1273-81.

predavanja, seminari, vježbe

Završni seminar: kritička analiza odabranog znanstvenog članka iz područja predmeta („Journal Club“).